Die FSK besteht aus jeweils einem Vertreter oder einer Vertreterin einer jeder Fachschaft, den studentischen Senatsmitgliedern und dem Fachschaftenreferent des AStA, welcher die Sitzung leitet. Die studentischen Senatoren und der Fachschaftenreferent sind nur beratende Mitglieder und haben kein Stimmrecht in der FSK.

Die Fachschaftenkonferenz dient zur Koordinierung der Arbeit des AStA mit der Fachschaftsarbeit sowie der Fachschaften untereinander. Hier werden beispielsweise die Termine der Fachschaftspartys vergeben.

Die FSK-Sitzungen finden Montags um 18:15 bei einer der zwölf Fachschaften statt. In der Vorlesungszeit gibt es alle zwei Wochen eine Sitzung, in der vorlesungsfreien Zeit tagt die FSK üblicherweise etwas seltener.

Alle Bestimmungen zur FSK sind in der Satzung der Studierendenschaft in den Paragraphen §§ 35 und 36 aufgeführt, hier die Positionierung der FSK zum Nutzungsverbot des Kramladens.